Hier entfaltete er schnell eine herausragende Wirksamkeit auf beiden Feldern seiner Professur. In seinem Werk „Individuum und Gemeinschaft" aus dem Jahr 1919, das er 1924 und 1926 jeweils in völlig überarbeiteter Form neu erscheinen ließ, publizierte er seine Grundlegung der Kultur- und Sozialphilosophie, das ihn als selbständigen Denker neben Ernst Troeltsch, Ernst Cassirer und Georg Simmel stellte und zu einem Mitglied der Leipziger Schule der Sozialphilosophie mit nachhaltiger Wirkung machte. Mit seinem Buch „Führen oder Wachsenlassen", das in erster Auflage im Jahr 1927 erschien und bis in die sechziger Jahre immer wieder neu aufgelegt wurde (13. Auflage 1967), erörterte er das „pädagogische Grundproblem". Mit der darin enthaltenen Ablehnung aller irrationalistischen, romantischen und organologischen Weltanschauungen, seiner Forderung, das Eigenrecht des heranwachsenden Menschen zu achten und dem daraus folgenden „pädagogischen Überwältigungsverbot" legte Litt den Grundstein für die Feindschaft, die die Nationalsozialisten ihm gegenüber empfanden.
Ganz offensichtlich trug dazu bereits Litts Antrittsrede als Rektor der Universität Leipzig, die er am 31. Oktober 1931 gehalten hatte, bei. Unter Bruch des bis dahin Üblichen, nämlich Einblick in die eigene wissenschaftliche Tätigkeit zu geben, appellierte Litt an die Verantwortung seiner Kollegen für die Erhaltung der Unabhängigkeit der Universität. Er stellte seine Rede unter das Motto „Hochschule und Politik" und sprach sich darin leidenschaftlich gegen die Indienstnahme der Universität für tagesaktuelle Bedürfnisse aus, er plädierte stattdessen dafür, sie als "eine Zone der ruhigen Besinnung und der kritischen Selbstzucht" zu bewahren. Denn sie werde gerade dann "am 'gegenwärtigsten' sein, wenn sie dem, was bloß Augenblick ist, die Gefolgschaft verweigert".
Als der NS-Studentenbund in der Folgezeit versuchte, auf die Haltung des Rektors Einfluss zu gewinnen und dies durch die Hissung der Hakenkreuzfahne auf dem Universitätshauptgebäude deutlich machen wollte, ließ Litt es nicht zu. Die Folge waren bereits im Jahre 1934 massive Störungen seiner Vorlesungen (die wegen ihres Zulaufs in weitere Hörsale übertragen werden mussten). Dies reichte bis zur vorübergehenden Schließung der Universität. Als Litt 1936 bei einer Vortragsreise in Wien von einem Auftrittsverbot der NS-Behörden eingeholt wurde, kehrte er zurück und betrieb seine vorzeitige Emeritierung, die er schließlich ein Jahr später auch erreichte.
Im Jahre 1938 veröffentlichte Litt - man muss es tollkühn nennen - mit der kleinen Schrift „Der deutsche Geist und das Christentum" eine grundsätzliche Kritik an der ideologischen Hauptschrift der Nationalsozialisten, dem Buch von Alfred Rosenerg „Der Mythus des 20. Jahrhunderts". Litts Büchlein bedeutete für viele gläubige Christen eine unerwartete Stärkung. Die 30 000 Exemplare - eine in jener Zeit für eine derartige Thematik unglaublich große Auflage - waren denn auch sofort vergriffen. Tief enttäuscht von seinen Kollegen an der Universität und der Haltung der Sächsischen Akademie der Wissenschaften, der er angehörte und die sich vom ihm abwandte, als ihm im Jahr 1944 auch verboten wurde, in der Akademie Vorträge zu halten, zog sich Litt zurück und beschäftigte sich mit Arbeiten wie „Staatsgewalt und Sittlichkeit", die erst 1948 in den Westzonen erscheinen konnten. Als Freund der Familie Goerdeler war er an Überlegungen beteiligt, wie der demokratische Neuanfang nach dem Ende der NS-Herrschaft gestaltet werden sollte. Als Karl Goerdeler nach dem 20. Juli 1944 verhaftet und hingerichtet wurde, blieb Litt ein treuer Freund der Familie und bemühte sich, ihr beizustehen.
Mit der Besetzung Leipzigs durch die Amerikaner im April 1945 wurde Litt, den der nach New York emigrierte Ernst Cassirer für den demokratischen Neuaufbau empfohlen hatte, mit der Neuordnung der Universität beauftragt. Aber mit dem Rückzug der amerikanischen Armee und der Besetzung Leipzigs durch Sowjet - Truppen blieben diese Ansätze stecken. Bei Wiedereröffnung der Universität im Jahre 1946 kehrte Litt zwar auf seinen Lehrstuhl zurück, handelte sich aber mit einem Vortrag über „Die Bedeutung der pädagogischen Theorie für die Ausbildung des Lehrers", den er bei einer Tagung der „deutschen Zentralverwaltung für das Unterrichtswesen" in der sowjetischen Besatzungszone 1946 in Ost-Berlin gehalten hatte, die Feindschaft der neuen Machthaber ein. Das führte wiederum zu - wenn auch vorübergehenden - Vorlesungsverboten. Litt befreite sich aus dieser Situation, indem er im Jahr 1948 - er war inzwischen 67 Jahre alt - einem Ruf an die Universität Bonn folgte. Dort verwaltete er noch bis 1952 die Professur für Philosophie und Pädagogik.
In der Zeit bis zu seinem Tod am 16. Juli 1962 engagierte er sich leidenschaftlich für die Festigung der freiheitlich-rechtsstaatlichen Ordnung der Bundesrepublik Deutschland.